先月末に、PhoneGap CLI 5.0.0 がリリースされていました。
それと関係あるか分からないのですが、PhoneGapでビルドできない現象、ビルドしても実機で起動できないなどの現象がおき、いろいろ調査しました。
まだ、StackOverFlowなどでも情報錯綜している感じでしたが、正常に動作せるところまでできたので、Qiitaに記事としてまとめましたので、ご覧ください。

http://qiita.com/tsunet111/items/c9aaeb6ef4c8426ee84c