探しても、あまり情報なかったのでメモ。

Flash の プロジェクタ exe の場合

fscommand("exec", "起動するファイル.exe");

でできる、別プログラム（exe）の起動をAdobe AIRアプリで行う。
最低限のコードは以下のとおり。

var nativeProcessStartupInfo = new NativeProcessStartupInfo();
var file = File.applicationDirectory.resolvePath("起動するファイル.exe");
nativeProcessStartupInfo.executable = file;
var process = new NativeProcess();
process.start(nativeProcessStartupInfo); 

※ AIRアプリと同じフォルダにある "起動するファイル.exe" を起動します。

フォルダの参照の参考。デスクトップとかドキュメントとか指定できます。
http://hakuhin.jp/air/file.html#FILE_GET_STATIC_DIRECTORY